Gilles Fontaine a passé son enfance à Tours. Il a fait des études à HEC en 1983 puis il est allé travailler au Ministère de la culture, à l'Ambassade de France à La Havane.
Depuis 1994, il est le directeur général adjoint d'une société d'études de marchés dans les secteurs des médias et des télécommunications basée à Montpellier, ville où il habite.